La rivière Huayobamba longe la ville de San Marcos par le flanc Sud. Elle est bordée d'éléments hétérogènes de forêt sèche (à gauche, flanc Sud) et d'une route et de terres agricoles irriguées en bordure des faubourgs de la ville (à droite).

La Huayobamba est un affluent du San Marcos, qui lui-même se forme à quelques centaines de mètres plus au Sud par sa réunion avec le Cascasén, pour se jeter enfin, non loin de là, dans la rivière Cajamarca.